Carles Rahola fou sotmès a consell de guerra sumaríssim d'urgència el dia 1 de març de 1939. Aquell mateix dia fou jutjat per rebel·lió militar i condemnat a pena de mort. El fiscal reconeixia que Rahola no havia comès cap fet delictiu, ni robatori ni assassinat; no obstant, tal com recull la sentència, se l'acusava de ser «uno de los más destacados separatistas de Gerona, colaborador asiduo del diario separatista de esta localidad L'Autonomista en el que escribió artículos literarios e históricos y últimamente otros de carácter político, en los que alentaba a las masas a prolongar inútilmente su resistencia. Entre estos artículos figuran los titulados "Contra el invasor", "Refugios y jardines" y "El heroísmo".»
L'article "Refugis i jardins" havia aparegut a la portada del diari L'Autonomista, de 8 de febrer de 1938, i "Heroisme", a la portada de 6 d'agost de 1938 de la mateixa capçalera. El text "Contra l'invasor" era el colofó de la seva obra Estudis napoleònics, publicada a Girona la tardor de 1938; tement algun problema, ell mateix n'arrencà les pàgines dels exemplars que tenia a casa abans no fou detingut.
En el text de la sentència també se'l considerava «influyente entre los elementos marxistas,» atès que durant la guerra «favoreció a determinadas personas de derechas», és a dir perquè les havia ajudat. A més, assenyalava que «distinguió con su particular animosidad a los italianos y alemanes.»